O Instituto de Transplantes foi criado em 4 de abril de 2006 com o objetivo de coordenar, organizar e viabilizar a realização de transplantes de órgãos no Hospital Mãe de Deus. Associando o melhor da tecnologia com atendimento de alta qualidade, está habilitado a realizar transplantes de fígado, pâncreas e rim, e conta com uma equipe multidisciplinar e experiente que, desde 1991, já atingiu a marca de mais de 800 transplantes de fígado. O Instituto de Transplantes também tem como objetivo, futuramente, criar equipes aptas para a realização de transplantes de outros órgãos dentro da instituição.
Os profissionais do Instituto de Transplantes atuam em todas as etapas, da avaliação do paciente candidato ao transplante até o acompanhamento pós-transplante, passando pela preparação para a cirurgia, realização do procedimento e acompanhamento pós-cirúrgico, ao nível hospitalar e ambulatorial.